拮抗病原菌：哈茨木霉菌通过产生抗生素、营养竞争、微寄生、细胞壁分解酵素以及诱导植物产生抗性等机制，对多种植物病原菌有拮抗作用，具备保护和治疗双重功效。能有效防治由腐霉菌、镰刀菌、黑根霉、柱孢霉、核盘菌等病原菌引起的立枯病、猝倒病、根腐病等真菌性根部病害，以及灰霉病等叶部病害，还可防治蔬菜、花卉、水果、中药材等植物的白粉病、锈病、霜霉病、叶斑病、叶霉病、炭疽病等叶部病害。
重寄生作用：木霉对寄主真菌识别后，菌丝沿寄主菌丝平行生长和螺旋状缠绕生长，并产生附着胞状分枝吸附于寄主菌丝上，通过分泌胞外酶溶解细胞壁，穿透寄主菌丝，吸取营养，进而将病原菌杀死。
提供养分和水分：哈茨木霉菌能够与植物根系建立共生关系，为植物提供养分和水分，促进植物生长。
增加作物产量：其根际共生能促进植物吸收养分，提高植物的生长率和抗病能力，从而增加作物的产量。
降解有机物：哈茨木霉菌是产纤维素酶活性高的菌株之一，所产生的纤维素酶对作物秸秆有降解作用，并能强力分解粗纤维、木质素等大分子有机物，使其转化为利于植物吸收利用的小分子物质。
改善土壤结构：能促进土壤中难溶性养分的溶解和释放，使板结的土壤重新组成新的团粒结构，增强透气性，提高根部吸收能力。
净化土壤：可以分解土壤中的重金属污染物和有机污染物质，对土壤起到净化作用。
抗盐碱：能在一定程度上增强作物对盐碱环境的适应能力，促进作物在盐碱土壤中的生长。
防重茬：有效抑制土壤有害病菌，尤其是作物生长过程中真菌性、病毒性、生理性、缺素等病害，形成防护，抑制各种病害发生，减少重茬对作物的不良影响。
哈茨木霉菌能够有效降解有机污染物质，净化水质和土壤，被广泛应用于生态环保和工业废弃物处理中。